Ambientada 400 años en el futuro, una plaga ha hecho desaparecer a la mayoria de la población, excepto una ciudad protegida por muros, Bregna, gobernada por un congreso de científicos. Aeon Flux (Charlize Theron) es la más importante agente de grupo rebelde 'Monican', liderado por Handler, (Frances McDormand). Cuando Aeon recibe las ordenes de aniquilar al líder del congreso descubre un mundo de secretos, que la llevan a cuestionarse de qué lado está realmente.