Los Caballeros del Zodiaco: La Leyenda del Santuario sigue de cerca a cinco jóvenes guerreros conocidos como Los Caballeros de Bronce (Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Ikki), los cuales tienen la misión de proteger a Saori Kido, una joven con misteriosos poderes que resulta ser la reencarnación de la diosa Atenea. Cuando la muchacha es atacada con una flecha mágica, estos santos protectores, para salvar su vida, deben atravesar, en doce horas, los doce Templos del Zodiaco en el Santuario de Atenea, cada uno de ellos custodiados por un Caballero de Oro. Una vez en el Santuario, deberán enfrentarse al Patriarca, y coger la cura que salve a Atenea de una muerte inminente.