Ubicado en el campus universitario ficticio "Miskatonic University" en Arkham, Massachusetts, donde se sabe que se desarrollan todo tipo de eventos fantásticos y extraños en la tradición de Lovecraft, THE RESONATOR: MISKATONIC U sigue a seis estudiantes talentosos mientras navegan por la vida después de uno de ellos, Crawford. Tillinghast, construye una máquina conocida como "Resonator". La máquina le permite a uno experimentar múltiples dimensiones mientras navega por las desagradables bestias que habitan dentro de ellas. Pero las cosas se complican cuando Tillinghast se da cuenta de que el prototipo de su creación no solo ha liberado criaturas asesinas y mortales en su mundo, sino que también ha afectado su propia realidad.