Neku, un adolescente con un don para el grafiti, recibe un aterrador mensaje en su teléfono: si no logra completar una serie de retorcidas misiones en los próximos siete días, dejará de existir. Así inicia su viaje hacia lo desconocido en el que le acompañará una misteriosa chica llamada Shiki, y en el que tendrá que descubrir la oscura verdad que se esconde tras su situación y derrotar a un misterioso grupo llamado los Reapers.